W zależności od rodzaju PEG-a i staranności jego pielęgnacji, dokonuje się jego wymiany. Pierwsza wymiana może nastąpić po około pół roku od założenia. Wymiana PEG-a odbywa się na ogół w warunkach szpitalnych, podczas krótkotrwałej sedacji lub znieczulenia dożylnego, z pełnym nadzorem anestezjologicznym.
Zgłębnik odcina się przy skórze, a część, która znajduje się wewnątrz, jest wyciągana za pomocą endoskopu. Następnie zakłada się albo PEG, albo gastrostomię typu „grzybek”, albo sporadycznie cewnik Foley'a, który nie jest przeznaczony w pierwotnym zamierzeniu, do podaży pokarmu.